ProjectenSinds 2004 wordt onder auspiciën van het Scaliger Instituut het onderzoeksproject naar de Leidse botanicus Carolus Clusius (1526-1609) uitgevoerd. Daarbij wordt samengewerkt met verschillende onderzoekers en instituten binnen de Universiteit Leiden en andere (Europese) universiteiten.
Een editieproject van een belangrijke Leidse humanistencorrespondentie: de briefwisseling van Josephus Justus Scaliger (1540-1609).
Een editieproject van een belangrijke Leidse humanistencorrespondentie: de briefwisseling van Justus Lipsius (1547-1606).
In de collecties van de Universiteitsbibliotheek Leiden is een grote hoeveelheid pamfletten en kleine geschriften te vinden waarin de discussie rond het Modernisme in de theologie aan het einde van de 19de eeuwen begin van de 20ste eeuw zichtbaar wordt.
In de komende jaren zal het Scaliger Instituut een aantal activiteiten georganiseren rond het thema Heilige boeken.
Het algemeen programma Bronnen van kennis (The arts of learning) is een overkoepelend thema waarmee het Instituut de coherentie van onderzoek en onderwijs rond de Bijzondere Collecties wil vergroten.